La rete di monitoraggio delle acque superficiali comprende 37 stazioni: 8 corsi d’acqua naturali e 29 artificiali.
Le analisi chimiche vengono effettuate 12 volte l’anno sui naturali e 4 sugli artificiali, le analisi biologiche 4 volte l’anno sui corsi d’acqua naturali e una volta sugli artificiali di particolare pregio.
Per le stazioni di campionamento dei fiumi Adda, Serio e Oglio vengono effettuate analisi supplettive per l'idoneità alla vita dei pesci.